El Museo cuenta con cinco salas temáticas de exposición permanente, donde se recorre la historia antigua de Costa Rica, narrada a partir de una interpretación arqueológica, en la cual se destacan aspectos sociales, religiosos y cotidianos de la gente que los elaboró y utilizó. Cuenta con dos salas de exhibiciones temporales para la exhibición de diferentes tópicos vinculados al quehacer cultural humano nacional e internacional. En ella se exhiben las muestras de artes visuales, arqueología y contenidos vinculados a la actividad cultural en general.

El Museo Dr. Rafael Ángel Calderón Guardia resguarda una parte fundamental de la historia social de Costa Rica en el siglo XX, que por su impacto mantiene vigencia en nuestros días como base de justicia y paz social. El Museo promueve la apreciación y el desarrollo artístico cultural con exposiciones desde conceptos artísticos tradicionales y de vanguardia, de creadores jóvenes y con trayectoria, nacionales e internacionales.